From 71507ca5d2410b11889ca963fafcd1bcad5044c3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Daniel Baumann Date: Sun, 28 Apr 2024 11:52:51 +0200 Subject: Adding upstream version 1:5.44. Signed-off-by: Daniel Baumann --- magic/Magdir/bioinformatics | 178 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 178 insertions(+) create mode 100644 magic/Magdir/bioinformatics (limited to 'magic/Magdir/bioinformatics') diff --git a/magic/Magdir/bioinformatics b/magic/Magdir/bioinformatics new file mode 100644 index 0000000..2966fa6 --- /dev/null +++ b/magic/Magdir/bioinformatics @@ -0,0 +1,178 @@ + +#------------------------------------------------------------------------------ +# $File: bioinformatics,v 1.5 2019/04/19 00:42:27 christos Exp $ +# bioinfomatics: file(1) magic for Bioinfomatics file formats + +############################################################################### +# BGZF (Blocked GNU Zip Format) - gzip compatible, but also indexable +# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml) +############################################################################### +0 string \037\213 +>3 byte &0x04 +>>12 string BC +>>>14 leshort &0x02 Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible) +>>>>16 leshort x \b, block length %d +!:mime application/x-gzip + + +############################################################################### +# Tabix index file +# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml) +############################################################################### +0 string TBI\1 SAMtools TBI (Tabix index format) +>0x04 lelong =1 \b, with %d reference sequence +>0x04 lelong >1 \b, with %d reference sequences +>0x08 lelong &0x10000 \b, using half-closed-half-open coordinates (BED style) +>0x08 lelong ^0x10000 +>>0x08 lelong =0 \b, using closed and one based coordinates (GFF style) +>>0x08 lelong =1 \b, using SAM format +>>0x08 lelong =2 \b, using VCF format +>0x0c lelong x \b, sequence name column: %d +>0x10 lelong x \b, region start column: %d +>0x08 lelong =0 +>>0x14 lelong x \b, region end column: %d +>0x18 byte x \b, comment character: %c +>0x1c lelong x \b, skip line count: %d + + +############################################################################### +# BAM (Binary Sequence Alignment/Map format) +# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf) +# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it +############################################################################### +0 string BAM\1 SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map) +>0x04 lelong >0 +>>&0x00 regex =^[@]HD\t.*VN: \b, with SAM header +>>>&0 regex =[0-9.]+ \b version %s +>>&(0x04) lelong >0 \b, with %d reference sequences + + +############################################################################### +# BAI (BAM indexing format) +# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf) +############################################################################### +0 string BAI\1 SAMtools BAI (BAM indexing format) +>0x04 lelong >0 \b, with %d reference sequences + + 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string x \b, generated by SAMtools version %s + + +############################################################################### +# BCF (Binary Call Format), version 2.1 +# used by SAMtools (https://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf) +# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it +############################################################################### +0 string BCF\2\1 Binary Call Format (BCF) version 2.1 +# length of header text +>&0x00 lelong >0 +# have header string +>>&0x00 search ##samtoolsVersion= +>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s + + +############################################################################### +# BCF (Binary Call Format), version 2.2 +# used by SAMtools (https://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf) +# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it +############################################################################### +0 string BCF\2\2 Binary Call Format (BCF) version 2.2 +# length of header text +>&0x00 lelong >0 +# have header string +>>&0x00 search ##samtoolsVersion= +>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s + +############################################################################### +# VCF (Variant Call Format) +# used by VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/) +############################################################################### +0 search ##fileformat=VCFv Variant Call Format (VCF) +>&0 string x \b version %s + +############################################################################### +# FASTQ +# used by MAQ (http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml) +############################################################################### +# XXX Broken? +# @ +#0 regex =^@[A-Za-z0-9_.:-]+\?\n +# +#>&1 regex =^[A-Za-z\n.~]++ +# +[] +#>>&1 regex =^[A-Za-z0-9_.:-]*\?\n +# +#>>>&1 regex 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