Adding upstream version 1:5.45.upstream/1%5.45upstream

Signed-off-by: Daniel Baumann <daniel.baumann@progress-linux.org>

1 files changed, 178 insertions, 0 deletions

diff --git a/magic/Magdir/bioinformatics b/magic/Magdir/bioinformatics
new file mode 100644
index 0000000..2966fa6
--- /dev/null
+++ b/magic/Magdir/bioinformatics
@@ -0,0 +1,178 @@
+
+#------------------------------------------------------------------------------
+# $File: bioinformatics,v 1.5 2019/04/19 00:42:27 christos Exp $
+# bioinfomatics:  file(1) magic for Bioinfomatics file formats
+
+###############################################################################
+# BGZF (Blocked GNU Zip Format) - gzip compatible, but also indexable
+# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml)
+###############################################################################
+0	string		\037\213
+>3	byte		&0x04
+>>12	string		BC
+>>>14	leshort		&0x02	Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible)
+>>>>16	leshort		x	\b, block length %d
+!:mime	application/x-gzip
+
+
+###############################################################################
+# Tabix index file
+# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml)
+###############################################################################
+0	string	TBI\1		SAMtools TBI (Tabix index format)
+>0x04	lelong	=1		\b, with %d reference sequence
+>0x04	lelong	>1		\b, with %d reference sequences
+>0x08	lelong	&0x10000	\b, using half-closed-half-open coordinates (BED style)
+>0x08	lelong	^0x10000
+>>0x08	lelong	=0		\b, using closed and one based coordinates (GFF style)
+>>0x08	lelong	=1		\b, using SAM format
+>>0x08	lelong	=2		\b, using VCF format
+>0x0c	lelong	x		\b, sequence name column: %d
+>0x10	lelong	x		\b, region start column: %d
+>0x08	lelong	=0
+>>0x14	lelong	x		\b, region end column: %d
+>0x18	byte	x		\b, comment character: %c
+>0x1c	lelong	x		\b, skip line count: %d
+
+
+###############################################################################
+# BAM (Binary Sequence Alignment/Map format)
+# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf)
+# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
+###############################################################################
+0	string	BAM\1	SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map)
+>0x04	lelong	>0
+>>&0x00 regex	=^[@]HD\t.*VN:		\b, with SAM header
+>>>&0	regex	=[0-9.]+		\b version %s
+>>&(0x04)	lelong	>0	\b, with %d reference sequences
+
+
+###############################################################################
+# BAI (BAM indexing format)
+# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf)
+###############################################################################
+0		string	BAI\1	SAMtools BAI (BAM indexing format)
+>0x04		lelong	>0	\b, with %d reference sequences
+
+
+###############################################################################
+# CRAM (Binary Sequence Alignment/Map format)
+###############################################################################
+0	string	CRAM	CRAM
+>0x04	byte	>-1	version %d.
+>0x05	byte	>-1	\b%d
+>0x06	string	>\0	(identified as %s)
+
+
+###############################################################################
+# BCF (Binary Call Format), version 1
+# used by SAMtools & VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/bcf.pdf)
+# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
+###############################################################################
+0		string	   BCF\4
+# length of seqnm data in bytes is positive
+>&0x00		lelong	  >0
+# length of smpl data in bytes is positive
+>>&(&-0x04)	lelong	  >0			SAMtools BCF (Binary Call Format)
+# length of meta in bytes
+>>>&(&-0x04)	lelong	  >0
+# have meta text string
+>>>>&0x00	search	  ##samtoolsVersion=
+>>>>>&0x00	string	  x			\b, generated by SAMtools version %s
+
+
+###############################################################################
+# BCF (Binary Call Format), version 2.1
+# used by SAMtools (https://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf)
+# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
+###############################################################################
+0		string	   BCF\2\1    Binary Call Format (BCF) version 2.1
+# length of header text
+>&0x00		lelong	  >0
+# have header string
+>>&0x00 search	  ##samtoolsVersion=
+>>>&0x00	string	  x			\b, generated by SAMtools version %s
+
+
+###############################################################################
+# BCF (Binary Call Format), version 2.2
+# used by SAMtools (https://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf)
+# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
+###############################################################################
+0		string	   BCF\2\2    Binary Call Format (BCF) version 2.2
+# length of header text
+>&0x00		lelong	  >0
+# have header string
+>>&0x00 search	  ##samtoolsVersion=
+>>>&0x00	string	  x			\b, generated by SAMtools version %s
+
+###############################################################################
+# VCF (Variant Call Format)
+# used by VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/)
+###############################################################################
+0      search	   ##fileformat=VCFv	Variant Call Format (VCF)
+>&0    string	   x			\b version %s
+
+###############################################################################
+# FASTQ
+# used by MAQ (http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml)
+###############################################################################
+# XXX Broken?
+# @<seqname>
+#0	regex	=^@[A-Za-z0-9_.:-]+\?\n
+# <seq>
+#>&1	regex	=^[A-Za-z\n.~]++
+# +[<seqname>]
+#>>&1	regex	=^[A-Za-z0-9_.:-]*\?\n
+# <qual>
+#>>>&1	regex	=^[!-~\n]+\n		FASTQ
+
+###############################################################################
+# FASTA
+# used by FASTA (https://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_guide.pdf)
+###############################################################################
+#0	byte	0x3e
+# q>0	regex	=^[>][!-~\t\ ]+$
+# Amino Acid codes: [A-IK-Z*-]+
+#>>1	regex	!=[!-'Jj;:=?@^`|~\\]		FASTA
+# IUPAC codes/gaps: [ACGTURYKMSWBDHVNX-]+
+# not in IUPAC codes/gaps: [EFIJLOPQZ]
+#>>>1	regex	!=[EFIJLOPQZefijlopqz]		\b, with IUPAC nucleotide codes
+#>>>1	regex	=^[EFIJLOPQZefijlopqz]+$	\b, with Amino Acid codes
+
+###############################################################################
+# SAM (Sequence Alignment/Map format)
+# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf)
+###############################################################################
+# Short-cut version to recognise SAM files with (optional) header at beginning
+###############################################################################
+0      string	   @HD\t
+>4     search	   VN:		Sequence Alignment/Map (SAM), with header
+>>&0   regex	   [0-9.]+	\b version %s
+###############################################################################
+# Longer version to recognise SAM alignment lines using (many) regexes
+###############################################################################
+# SAM Alignment QNAME
+0		regex	=^[!-?A-~]{1,255}(\t[^\t]+){11}
+# SAM Alignment FLAG
+>0		regex	=^([^\t]+\t){1}[0-9]{1,5}\t
+# SAM Alignment RNAME
+>>0		regex	=^([^\t]+\t){2}\\*|[^*=]*\t
+# SAM Alignment POS
+>>>0		regex	=^([^\t]+\t){3}[0-9]{1,9}\t
+# SAM Alignment MAPQ
+>>>>0		regex	=^([^\t]+\t){4}[0-9]{1,3}\t
+# SAM Alignment CIGAR
+>>>>>0		regex	=\t(\\*|([0-9]+[MIDNSHPX=])+)\t
+# SAM Alignment RNEXT
+>>>>>>0		regex	=\t(\\*|=|[!-()+->?-~][!-~]*)\t
+# SAM Alignment PNEXT
+>>>>>>>0	regex	=^([^\t]+\t){7}[0-9]{1,9}\t
+# SAM Alignment TLEN
+>>>>>>>>0	regex	=\t[+-]{0,1}[0-9]{1,9}\t.*\t
+# SAM Alignment SEQ
+>>>>>>>>>0	regex	=^([^\t]+\t){9}(\\*|[A-Za-z=.]+)\t
+# SAM Alignment QUAL
+>>>>>>>>>>0	regex	=^([^\t]+\t){10}[!-~]+	Sequence Alignment/Map (SAM)
+>>>>>>>>>>>0	regex	=^[@]HD\t.*VN:		\b, with header
+>>>>>>>>>>>>&0	regex	=[0-9.]+		\b version %s