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+AATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGG\n\
+AGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTC\n\
+CAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCT\n\
+GTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGA\n\
+CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCG\n\
+TGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAA\n\
+CCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGAC\n\
+AGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAC\n\
+TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAA\n\
+CATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGC\n\
+CTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGA\n\
+GGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCC\n\
+GTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGA\n\
+GGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCC\n\
+CGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGC\n\
+TACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGC\n\
+CGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGC\n\
+CGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCA\n\
+CCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAA\n\
+AATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCT\n\
+GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCA\n\
+CTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGC\n\
+TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGA\n\
+GTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA\n\
+GCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT\n\
+CGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCC\n\
+TGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAAT\n\
+CCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGC\n\
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+GCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGG\n\
+GAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGC\n\
+GAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\n\
+GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGG\n\
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+GCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCT\n\
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+GGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGA\n\
+TCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGC\n\
+GCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGA\n\
+GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC\n\
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+GCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTT\n\
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+GACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG\n\
+CACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGC\n\
+CAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCG\n\
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+GCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG\n\
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+TTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG\n\
+AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA\n\
+GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT\n\
+AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC\n\
+AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG\n\
+GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC\n\
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+AGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTT\n\
+TGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACA\n\
+TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCT\n\
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+GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT\n\
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+TCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGC\n\
+CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG\n\
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+GGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCC\n\
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+GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA\n\
+GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA\n\
+GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA\n\
+GGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG\n\
+AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAAT\n\
+CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCA\n\
+GTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA\n\
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+ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGG\n\
+GAGGCTGAGGCAGGAGAATC\n\
+>TWO IUB ambiguity codes\n\
+cttBtatcatatgctaKggNcataaaSatgtaaaDcDRtBggDtctttataattcBgtcg\n\
+tactDtDagcctatttSVHtHttKtgtHMaSattgWaHKHttttagacatWatgtRgaaa\n\
+NtactMcSMtYtcMgRtacttctWBacgaaatatagScDtttgaagacacatagtVgYgt\n\
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+KtWaStVcNKHKttactatccctcatgWHatWaRcttactaggatctataDtDHBttata\n\
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+gtttNattgVtttctgtBaWgtaattcaagtcaVWtactNggattctttaYtaaagccgc\n\
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+gYatBtRaDatHaactgtttatatDttttaaaKVccYcaaccNcBcgHaaVcattHctcg\n\
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+BatatVtctgaaaaWtctRacgBMaatSgRgtgtcgactatcRtattaScctaStagKga\n\
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+tcgNaatcKWagcNaHtgaaaSaaagctcYctttRVtaaaatNtataaccKtaRgtttaM\n\
+tgtKaBtRtNaggaSattHatatWactcagtgtactaKctatttgRYYatKatgtccgtR\n\
+tttttatttaatatVgKtttgtatgtNtataRatWYNgtRtHggtaaKaYtKSDcatcKg\n\
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+aRtagcataBggactaacacRctKgttaatcctHgDgttKHHagttgttaatgHBtatHc\n\
+DaagtVaBaRccctVgtgDtacRHSctaagagcggWYaBtSaKtHBtaaactYacgNKBa\n\
+VYgtaacttagtVttcttaatgtBtatMtMtttaattaatBWccatRtttcatagVgMMt\n\
+agctStKctaMactacDNYgKYHgaWcgaHgagattacVgtttgtRaSttaWaVgataat\n\
+gtgtYtaStattattMtNgWtgttKaccaatagNYttattcgtatHcWtctaaaNVYKKt\n\
+tWtggcDtcgaagtNcagatacgcattaagaccWctgcagcttggNSgaNcHggatgtVt\n\
+catNtRaaBNcHVagagaaBtaaSggDaatWaatRccaVgggStctDaacataKttKatt\n\
+tggacYtattcSatcttagcaatgaVBMcttDattctYaaRgatgcattttNgVHtKcYR\n\
+aatRKctgtaaacRatVSagctgtWacBtKVatctgttttKcgtctaaDcaagtatcSat\n\
+aWVgcKKataWaYttcccSaatgaaaacccWgcRctWatNcWtBRttYaattataaNgac\n\
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+aNSgatactttcgagWaaatctKaaDaRttgtggKKagcDgataaattgSaacWaVtaNM\n\
+acKtcaDaaatttctRaaVcagNacaScRBatatctRatcctaNatWgRtcDcSaWSgtt\n\
+RtKaRtMtKaatgttBHcYaaBtgatSgaSWaScMgatNtctcctatttctYtatMatMt\n\
+RRtSaattaMtagaaaaStcgVgRttSVaScagtgDtttatcatcatacRcatatDctta\n\
+tcatVRtttataaHtattcYtcaaaatactttgVctagtaaYttagatagtSYacKaaac\n\
+gaaKtaaatagataatSatatgaaatSgKtaatVtttatcctgKHaatHattagaaccgt\n\
+YaaHactRcggSBNgtgctaaBagBttgtRttaaattYtVRaaaattgtaatVatttctc\n\
+ttcatgBcVgtgKgaHaaatattYatagWacNctgaaMcgaattStagWaSgtaaKagtt\n\
+ttaagaDgatKcctgtaHtcatggKttVDatcaaggtYcgccagNgtgcVttttagagat\n\
+gctaccacggggtNttttaSHaNtatNcctcatSaaVgtactgBHtagcaYggYVKNgta\n\
+KBcRttgaWatgaatVtagtcgattYgatgtaatttacDacSctgctaaaStttaWMagD\n\
+aaatcaVYctccgggcgaVtaaWtStaKMgDtttcaaMtVgBaatccagNaaatcYRMBg\n\
+gttWtaaScKttMWtYataRaDBMaDataatHBcacDaaKDactaMgagttDattaHatH\n\
+taYatDtattDcRNStgaatattSDttggtattaaNSYacttcDMgYgBatWtaMagact\n\
+VWttctttgYMaYaacRgHWaattgRtaagcattctMKVStatactacHVtatgatcBtV\n\
+NataaBttYtSttacKgggWgYDtgaVtYgatDaacattYgatggtRDaVDttNactaSa\n\
+MtgNttaacaaSaBStcDctaccacagacgcaHatMataWKYtaYattMcaMtgSttDag\n\
+cHacgatcaHttYaKHggagttccgatYcaatgatRaVRcaagatcagtatggScctata\n\
+ttaNtagcgacgtgKaaWaactSgagtMYtcttccaKtStaacggMtaagNttattatcg\n\
+tctaRcactctctDtaacWYtgaYaSaagaWtNtatttRacatgNaatgttattgWDDcN\n\
+aHcctgaaHacSgaataaRaataMHttatMtgaSDSKatatHHaNtacagtccaYatWtc\n\
+actaactatKDacSaStcggataHgYatagKtaatKagStaNgtatactatggRHacttg\n\
+tattatgtDVagDVaRctacMYattDgtttYgtctatggtKaRSttRccRtaaccttaga\n\
+gRatagSaaMaacgcaNtatgaaatcaRaagataatagatactcHaaYKBctccaagaRa\n\
+BaStNagataggcgaatgaMtagaatgtcaKttaaatgtaWcaBttaatRcggtgNcaca\n\
+aKtttScRtWtgcatagtttWYaagBttDKgcctttatMggNttattBtctagVtacata\n\
+aaYttacacaaRttcYtWttgHcaYYtaMgBaBatctNgcDtNttacgacDcgataaSat\n\
+YaSttWtcctatKaatgcagHaVaacgctgcatDtgttaSataaaaYSNttatagtaNYt\n\
+aDaaaNtggggacttaBggcHgcgtNtaaMcctggtVtaKcgNacNtatVaSWctWtgaW\n\
+cggNaBagctctgaYataMgaagatBSttctatacttgtgtKtaattttRagtDtacata\n\
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+taaVttaSacNaatactgMttgacHaHRttgMacaaaatagttaatatWKRgacDgaRta\n\
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+NctctgctatcaMatactataggDaHaaSttMtaDtcNatataattctMcStaaBYtaNa\n\
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+ttctttggSDtNtaStagttataaacaattgcaBaBWggHgcaaaBtYgctaatgaaatW\n\
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+tctctaatDtcRVaYttgttMtRtgtcaSaaYVgSWDRtaatagctcagDgcWWaaaBaa\n\
+RaBctgVgggNgDWStNaNBKcBctaaKtttDcttBaaggBttgaccatgaaaNgttttt\n\
+tttatctatgttataccaaDRaaSagtaVtDtcaWatBtacattaWacttaSgtattggD\n\
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+taRtccagattDaWtttggacBaVcHtHtaacDacYgtaatataMagaatgHMatcttat\n\
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+atggaatgtctRtaBgBtcNYatatNRtagaacMgagSaSDDSaDcctRagtVWSHtVSR\n\
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+gtcagctagattagattccttaatagaatataccgacctctagtccgaactaaactatag\n\
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+gtgagtatcggccatattggttcgagcactttagtttttgatgcataggatatgcaatgt\n\
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+atatacaggaaaacgtacattgagagagatgaccctacacagcgcaaccgttgagtactt\n\
+tcattaaagggtaacgctctcgagacagcatccttaagatggccttattgtcaaatcatt\n\
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+ggtgaaaatagacagggtgttagtattcaatcttcggagtatcaatttcgccaatcttgg\n\
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+catagaaattctatagtcaaatttacaagactctagatactcactcgttgcagccggcta\n\
+ggaagcgctttgtaccttacttcccttttcgttgcgtaatatgaatttcatatagtaagt\n\
+tcaaggcactcatacctccgtgaagagggtagatagactattaaagttgtttaatagtac\n\
+gtattgatggaaatgacccgtaggagatttaccactcaatccacaagattcgctgctgtg\n\
+cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\
+gagatacctttgcaattttt\n";
+
+dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;
+
+var ilen, clen,
+ seqs = [
+  /agggtaaa|tttaccct/ig,
+  /[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,
+  /a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,
+  /ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/ig,
+  /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,
+  /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,
+  /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,
+  /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
+  /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
+ subs = {
+  B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
+  M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
+  V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }
+
+ilen = dnaInput.length;
+
+// There is no in-place substitution
+dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
+clen = dnaInput.length
+
+var dnaOutputString = "";
+
+for(i in seqs)
+    dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
+ // match returns null if no matches, so replace with empty
+
+for(k in subs)
+ dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k]) // FIXME: Would like this to be a global substitution in a future version of SunSpider.
+ // search string, replacement string, flags
+
+
+var _sunSpiderInterval = new Date() - _sunSpiderStartDate;
+
+document.getElementById("console").innerHTML = _sunSpiderInterval;
+</script>
+
+
+</body>
+</html>
author	Daniel Baumann <daniel.baumann@progress-linux.org>	2024-04-07 19:33:14 +0000
committer	Daniel Baumann <daniel.baumann@progress-linux.org>	2024-04-07 19:33:14 +0000
commit	36d22d82aa202bb199967e9512281e9a53db42c9 (patch)
tree	105e8c98ddea1c1e4784a60a5a6410fa416be2de /build/pgo/js-input/sunspider/regexp-dna.html
parent	Initial commit. (diff)
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