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author: Daniel Baumann <daniel.baumann@progress-linux.org> 2024-04-28 14:29:10 +0000
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+TACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGC\n\
+CGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGC\n\
+CGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCA\n\
+CCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAA\n\
+AATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCT\n\
+GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCA\n\
+CTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGC\n\
+TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGA\n\
+GTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA\n\
+GCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT\n\
+CGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCC\n\
+TGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAAT\n\
+CCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGC\n\
+CTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTG\n\
+GCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGG\n\
+GAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGC\n\
+GAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\n\
+GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGG\n\
+TGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTA\n\
+ATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTG\n\
+CAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTC\n\
+AAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGG\n\
+GCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCT\n\
+CTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTC\n\
+GGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGA\n\
+TCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGC\n\
+GCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGA\n\
+GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC\n\
+AAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGC\n\
+AGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCA\n\
+CTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACG\n\
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+AGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGG\n\
+GCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTT\n\
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+GACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG\n\
+CACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGC\n\
+CAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCG\n\
+CGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGC\n\
+GGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGAC\n\
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+CGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAA\n\
+CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCC\n\
+AGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTG\n\
+AGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA\n\
+GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA\n\
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+GCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG\n\
+CCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGT\n\
+GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA\n\
+GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA\n\
+TTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG\n\
+AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA\n\
+GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT\n\
+AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC\n\
+AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG\n\
+GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC\n\
+CGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAG\n\
+AGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTT\n\
+TGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACA\n\
+TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCT\n\
+GTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGG\n\
+TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGT\n\
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+CGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCG\n\
+TCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTA\n\
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+AGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCG\n\
+GGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACC\n\
+TGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA\n\
+TACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA\n\
+GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT\n\
+GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC\n\
+ACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGT\n\
+TCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGC\n\
+CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG\n\
+CTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTG\n\
+GGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCC\n\
+CAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT\n\
+GGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGC\n\
+GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA\n\
+GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA\n\
+GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA\n\
+GGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG\n\
+AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAAT\n\
+CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCA\n\
+GTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA\n\
+AAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGC\n\
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+ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGG\n\
+GAGGCTGAGGCAGGAGAATC\n\
+>TWO IUB ambiguity codes\n\
+cttBtatcatatgctaKggNcataaaSatgtaaaDcDRtBggDtctttataattcBgtcg\n\
+tactDtDagcctatttSVHtHttKtgtHMaSattgWaHKHttttagacatWatgtRgaaa\n\
+NtactMcSMtYtcMgRtacttctWBacgaaatatagScDtttgaagacacatagtVgYgt\n\
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+gtaBDtRacttttcWatMttDBcatWtatcttactaBgaYtcttgttttttttYaaScYa\n\
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+KtWaStVcNKHKttactatccctcatgWHatWaRcttactaggatctataDtDHBttata\n\
+aaaHgtacVtagaYttYaKcctattcttcttaataNDaaggaaaDYgcggctaaWSctBa\n\
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+gtttNattgVtttctgtBaWgtaattcaagtcaVWtactNggattctttaYtaaagccgc\n\
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+aRtSatacHgtSKacYagttMHtWataggatgactNtatSaNctataVtttRNKtgRacc\n\
+tttYtatgttactttttcctttaaacatacaHactMacacggtWataMtBVacRaSaatc\n\
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+aacaHtaagttaRatgaVacttagattVKtaaYttaaatcaNatccRttRRaMScNaaaD\n\
+gttVHWgtcHaaHgacVaWtgttScactaagSgttatcttagggDtaccagWattWtRtg\n\
+ttHWHacgattBtgVcaYatcggttgagKcWtKKcaVtgaYgWctgYggVctgtHgaNcV\n\
+taBtWaaYatcDRaaRtSctgaHaYRttagatMatgcatttNattaDttaattgttctaa\n\
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+attaaatBtatgcaaaaatYMctSactHatacgaWacattacMBgHttcgaatVaaaaca\n\
+BatatVtctgaaaaWtctRacgBMaatSgRgtgtcgactatcRtattaScctaStagKga\n\
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+tcgNaatcKWagcNaHtgaaaSaaagctcYctttRVtaaaatNtataaccKtaRgtttaM\n\
+tgtKaBtRtNaggaSattHatatWactcagtgtactaKctatttgRYYatKatgtccgtR\n\
+tttttatttaatatVgKtttgtatgtNtataRatWYNgtRtHggtaaKaYtKSDcatcKg\n\
+taaYatcSRctaVtSMWtVtRWHatttagataDtVggacagVcgKWagBgatBtaaagNc\n\
+aRtagcataBggactaacacRctKgttaatcctHgDgttKHHagttgttaatgHBtatHc\n\
+DaagtVaBaRccctVgtgDtacRHSctaagagcggWYaBtSaKtHBtaaactYacgNKBa\n\
+VYgtaacttagtVttcttaatgtBtatMtMtttaattaatBWccatRtttcatagVgMMt\n\
+agctStKctaMactacDNYgKYHgaWcgaHgagattacVgtttgtRaSttaWaVgataat\n\
+gtgtYtaStattattMtNgWtgttKaccaatagNYttattcgtatHcWtctaaaNVYKKt\n\
+tWtggcDtcgaagtNcagatacgcattaagaccWctgcagcttggNSgaNcHggatgtVt\n\
+catNtRaaBNcHVagagaaBtaaSggDaatWaatRccaVgggStctDaacataKttKatt\n\
+tggacYtattcSatcttagcaatgaVBMcttDattctYaaRgatgcattttNgVHtKcYR\n\
+aatRKctgtaaacRatVSagctgtWacBtKVatctgttttKcgtctaaDcaagtatcSat\n\
+aWVgcKKataWaYttcccSaatgaaaacccWgcRctWatNcWtBRttYaattataaNgac\n\
+acaatagtttVNtataNaYtaatRaVWKtBatKagtaatataDaNaaaaataMtaagaaS\n\
+tccBcaatNgaataWtHaNactgtcDtRcYaaVaaaaaDgtttRatctatgHtgttKtga\n\
+aNSgatactttcgagWaaatctKaaDaRttgtggKKagcDgataaattgSaacWaVtaNM\n\
+acKtcaDaaatttctRaaVcagNacaScRBatatctRatcctaNatWgRtcDcSaWSgtt\n\
+RtKaRtMtKaatgttBHcYaaBtgatSgaSWaScMgatNtctcctatttctYtatMatMt\n\
+RRtSaattaMtagaaaaStcgVgRttSVaScagtgDtttatcatcatacRcatatDctta\n\
+tcatVRtttataaHtattcYtcaaaatactttgVctagtaaYttagatagtSYacKaaac\n\
+gaaKtaaatagataatSatatgaaatSgKtaatVtttatcctgKHaatHattagaaccgt\n\
+YaaHactRcggSBNgtgctaaBagBttgtRttaaattYtVRaaaattgtaatVatttctc\n\
+ttcatgBcVgtgKgaHaaatattYatagWacNctgaaMcgaattStagWaSgtaaKagtt\n\
+ttaagaDgatKcctgtaHtcatggKttVDatcaaggtYcgccagNgtgcVttttagagat\n\
+gctaccacggggtNttttaSHaNtatNcctcatSaaVgtactgBHtagcaYggYVKNgta\n\
+KBcRttgaWatgaatVtagtcgattYgatgtaatttacDacSctgctaaaStttaWMagD\n\
+aaatcaVYctccgggcgaVtaaWtStaKMgDtttcaaMtVgBaatccagNaaatcYRMBg\n\
+gttWtaaScKttMWtYataRaDBMaDataatHBcacDaaKDactaMgagttDattaHatH\n\
+taYatDtattDcRNStgaatattSDttggtattaaNSYacttcDMgYgBatWtaMagact\n\
+VWttctttgYMaYaacRgHWaattgRtaagcattctMKVStatactacHVtatgatcBtV\n\
+NataaBttYtSttacKgggWgYDtgaVtYgatDaacattYgatggtRDaVDttNactaSa\n\
+MtgNttaacaaSaBStcDctaccacagacgcaHatMataWKYtaYattMcaMtgSttDag\n\
+cHacgatcaHttYaKHggagttccgatYcaatgatRaVRcaagatcagtatggScctata\n\
+ttaNtagcgacgtgKaaWaactSgagtMYtcttccaKtStaacggMtaagNttattatcg\n\
+tctaRcactctctDtaacWYtgaYaSaagaWtNtatttRacatgNaatgttattgWDDcN\n\
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+actaactatKDacSaStcggataHgYatagKtaatKagStaNgtatactatggRHacttg\n\
+tattatgtDVagDVaRctacMYattDgtttYgtctatggtKaRSttRccRtaaccttaga\n\
+gRatagSaaMaacgcaNtatgaaatcaRaagataatagatactcHaaYKBctccaagaRa\n\
+BaStNagataggcgaatgaMtagaatgtcaKttaaatgtaWcaBttaatRcggtgNcaca\n\
+aKtttScRtWtgcatagtttWYaagBttDKgcctttatMggNttattBtctagVtacata\n\
+aaYttacacaaRttcYtWttgHcaYYtaMgBaBatctNgcDtNttacgacDcgataaSat\n\
+YaSttWtcctatKaatgcagHaVaacgctgcatDtgttaSataaaaYSNttatagtaNYt\n\
+aDaaaNtggggacttaBggcHgcgtNtaaMcctggtVtaKcgNacNtatVaSWctWtgaW\n\
+cggNaBagctctgaYataMgaagatBSttctatacttgtgtKtaattttRagtDtacata\n\
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+MMDtMactattattgWMSgtHBttStStgatatRaDaagattttctatMtaaaaaggtac\n\
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+RgMKtaaataVacataatgtaSaatttagtcgaaHtaKaatgcacatcggRaggSKctDc\n\
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+NctctgctatcaMatactataggDaHaaSttMtaDtcNatataattctMcStaaBYtaNa\n\
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+ttctttggSDtNtaStagttataaacaattgcaBaBWggHgcaaaBtYgctaatgaaatW\n\
+cDcttHtcMtWWattBHatcatcaaatctKMagtDNatttWaBtHaaaNgMttaaStagt\n\
+tctctaatDtcRVaYttgttMtRtgtcaSaaYVgSWDRtaatagctcagDgcWWaaaBaa\n\
+RaBctgVgggNgDWStNaNBKcBctaaKtttDcttBaaggBttgaccatgaaaNgttttt\n\
+tttatctatgttataccaaDRaaSagtaVtDtcaWatBtacattaWacttaSgtattggD\n\
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+ttVaataNctgHgttaaNBgcVYgtRtcccagWNaaaacaDNaBcaaaaRVtcWMgBagM\n\
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+BtRgctaKtgcScSttDgYatcVtggaaKtaagatWccHccgKYctaNNctacaWctttt\n\
+gcRtgtVcgaKttcMRHgctaHtVaataaDtatgKDcttatBtDttggNtacttttMtga\n\
+acRattaaNagaactcaaaBBVtcDtcgaStaDctgaaaSgttMaDtcgttcaccaaaag\n\
+gWtcKcgSMtcDtatgtttStaaBtatagDcatYatWtaaaBacaKgcaDatgRggaaYc\n\
+taRtccagattDaWtttggacBaVcHtHtaacDacYgtaatataMagaatgHMatcttat\n\
+acgtatttttatattacHactgttataMgStYaattYaccaattgagtcaaattaYtgta\n\
+tcatgMcaDcgggtcttDtKgcatgWRtataatatRacacNRBttcHtBgcRttgtgcgt\n\
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+tcMtHcccataagatgBggaccattVWtRtSacatgctcaaggggYtttDtaaNgNtaaB\n\
+atggaatgtctRtaBgBtcNYatatNRtagaacMgagSaSDDSaDcctRagtVWSHtVSR\n\
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+RttMctgtDctttcKtWttttataaatgVttgBKtgtKWDaWagMtaaagaaattDVtag\n\
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+ctactcaacaacggaatagtctttgtttagtaaaccagagctcaggacgcccaatacgta\n\
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+gaacttattaccgccaacgtagctcatcaaggttgcgacatctagttgtgtgtttgcgac\n\
+gagcccagcgaacttcatcaactttcgtatattcaacgccttgtaattttactttaagac\n\
+gcctggtgatgtagattcttagataatcagtttgttatcggctgtactttaccataattt\n\
+cacaggtttcaggtcaagaagattatagctgtatatacagttccatgctcggtgcacaga\n\
+aacgtgatcggataataatcaatcgcttatgtcgtctttaggcgtatccaatacatgccc\n\
+cgataccgcagtgtatttcgacatgtaggtataccgtcgcatttgagctcgagtcaggac\n\
+gtcagctagattagattccttaatagaatataccgacctctagtccgaactaaactatag\n\
+ataacgccaacttcaggttaattgtctagtcgtctgtttgcagatgggattcttagatga\n\
+gtgagtatcggccatattggttcgagcactttagtttttgatgcataggatatgcaatgt\n\
+atagctgaaagtactttatctgtttcaaactcacattgattaaaccggtaaacctttaaa\n\
+gactacaagaaaatattcagtgagggcaattttgtcaatcacaatcttccagctagagat\n\
+acttcacaatttgtcttgaggctacgcaacattagacggattttcgcgttttattgaaat\n\
+aatcgaggggcccaagagtatccatagttcattttgtaagatttctttacaggcttatta\n\
+cagcttcttcagactcctacatgcttacgagttatatgctagcatgtgaacaatagatta\n\
+atatacaggaaaacgtacattgagagagatgaccctacacagcgcaaccgttgagtactt\n\
+tcattaaagggtaacgctctcgagacagcatccttaagatggccttattgtcaaatcatt\n\
+tgcagaagtacgcaagatccctaaccaacgtagaagaatccctacaaacacatgagacgc\n\
+ggtgaaaatagacagggtgttagtattcaatcttcggagtatcaatttcgccaatcttgg\n\
+tgagaaagcataccctttcttcagagaaagaagatcaatcataacactatctttaacgag\n\
+gtacgcacgcgcatcattacctgcctccatggatctttaggatagcggaaagtattggca\n\
+gcgtattgtgatttcgttcctactttatcaatttcacattcatatacatgtcttttatca\n\
+aaatcgccaataagataggatgagctatattagatgctagtagagttcgcgccaacatca\n\
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+tataactctctcttaagtttggaggcagtaacgcgctctatataatcagtttgctgcacc\n\
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+catcttgggaacttaggattttactctaacatcaccgaaacgattattggataccgtacc\n\
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+ggattggaggaataatagctgggtaagtccccttgcgtctacaatcgactattttttatg\n\
+aatatgcttctgccgcacctatggttattaaaaaagtcatgactttgaagaaccctgaaa\n\
+agatagatgaatcaggtgtaatggcagcagccaaagagcatataattagcaacactctaa\n\
+gaacattatagatatgatgatagcgatcgtcatgatgttatccggtcacaatagtagctt\n\
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+tccctcttgatacggtgggggcttattcaaccgcgtggattgggttgtcatacttgcatt\n\
+aaacgatgtaaaccatctagtagtcaactatactaaatcacaaaatagtgatcaatacat\n\
+acccgcttcatggttttaaccatttaattgattaaagatattccgctaagaaccattatc\n\
+tacctaaactgatcgccgtatcctagtagtttgaaatttgatgtaccgtaatgatcaacg\n\
+aagtaaaacgttatattgtatgtagaataataggtcttggagctaaatgatgtgattggt\n\
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+gctgtttgagctatgaggccgggatccggttgagctacatctatttgctacaagaaaaat\n\
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+tgcggcctgcctccatattcaagtgtatcttaaaccaagtggttccaacgctcgcgctaa\n\
+agaattaaagcctttatttcctccacggagtagcccgtaatccggttcgaaagagaccat\n\
+tgaagttaattttcatatccagtgaagtttaggcacaagcatgtgttctgccacatgcct\n\
+caaagcgctcttcaaccaagatatgattcatcctaacttcgatgaatgcgtctgtaacat\n\
+aaatatagaaggaatgattcggcgagttaattttcgccttctccaacatggcatccctac\n\
+gttcgttataaggaccatacatgtaggttttaaaggtttgcggttaatcgatatttacat\n\
+catagaaattctatagtcaaatttacaagactctagatactcactcgttgcagccggcta\n\
+ggaagcgctttgtaccttacttcccttttcgttgcgtaatatgaatttcatatagtaagt\n\
+tcaaggcactcatacctccgtgaagagggtagatagactattaaagttgtttaatagtac\n\
+gtattgatggaaatgacccgtaggagatttaccactcaatccacaagattcgctgctgtg\n\
+cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\
+gagatacctttgcaattttt\n";
+
+dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;
+
+var ilen, clen,
+ seqs = [
+  /agggtaaa|tttaccct/ig,
+  /[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,
+  /a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,
+  /ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/ig,
+  /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,
+  /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,
+  /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,
+  /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
+  /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
+ subs = {
+  B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
+  M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
+  V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }
+
+ilen = dnaInput.length;
+
+// There is no in-place substitution
+dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
+clen = dnaInput.length
+
+var dnaOutputString;
+
+for(i in seqs)
+    dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
+ // match returns null if no matches, so replace with empty
+
+for(k in subs)
+ dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k]) // FIXME: Would like this to be a global substitution in a future version of SunSpider.
+ // search string, replacement string, flags
author	Daniel Baumann <daniel.baumann@progress-linux.org>	2024-04-28 14:29:10 +0000
committer	Daniel Baumann <daniel.baumann@progress-linux.org>	2024-04-28 14:29:10 +0000
commit	2aa4a82499d4becd2284cdb482213d541b8804dd (patch)
tree	b80bf8bf13c3766139fbacc530efd0dd9d54394c /third_party/webkit/PerformanceTests/SunSpider/sunspider-0.9.1/regexp-dna.js
parent	Initial commit. (diff)
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