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+// contributed by Jesse Millikan
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+GTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA\n\
+GCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT\n\
+CGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCC\n\
+TGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAAT\n\
+CCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGC\n\
+CTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTG\n\
+GCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGG\n\
+GAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGC\n\
+GAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\n\
+GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGG\n\
+TGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTA\n\
+ATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTG\n\
+CAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTC\n\
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+GCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCT\n\
+CTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTC\n\
+GGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGA\n\
+TCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGC\n\
+GCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGA\n\
+GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC\n\
+AAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGC\n\
+AGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCA\n\
+CTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACG\n\
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+AGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGG\n\
+GCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTT\n\
+GAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGC\n\
+GACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG\n\
+CACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGC\n\
+CAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCG\n\
+CGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGC\n\
+GGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGAC\n\
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+CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCC\n\
+AGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTG\n\
+AGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA\n\
+GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA\n\
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+GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA\n\
+GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA\n\
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+AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA\n\
+GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT\n\
+AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC\n\
+AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG\n\
+GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC\n\
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+TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCT\n\
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+TGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA\n\
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+GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT\n\
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+CAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT\n\
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+GAGGCTGAGGCAGGAGAATC\n\
+>TWO IUB ambiguity codes\n\
+cttBtatcatatgctaKggNcataaaSatgtaaaDcDRtBggDtctttataattcBgtcg\n\
+tactDtDagcctatttSVHtHttKtgtHMaSattgWaHKHttttagacatWatgtRgaaa\n\
+NtactMcSMtYtcMgRtacttctWBacgaaatatagScDtttgaagacacatagtVgYgt\n\
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+gttVHWgtcHaaHgacVaWtgttScactaagSgttatcttagggDtaccagWattWtRtg\n\
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+DaagtVaBaRccctVgtgDtacRHSctaagagcggWYaBtSaKtHBtaaactYacgNKBa\n\
+VYgtaacttagtVttcttaatgtBtatMtMtttaattaatBWccatRtttcatagVgMMt\n\
+agctStKctaMactacDNYgKYHgaWcgaHgagattacVgtttgtRaSttaWaVgataat\n\
+gtgtYtaStattattMtNgWtgttKaccaatagNYttattcgtatHcWtctaaaNVYKKt\n\
+tWtggcDtcgaagtNcagatacgcattaagaccWctgcagcttggNSgaNcHggatgtVt\n\
+catNtRaaBNcHVagagaaBtaaSggDaatWaatRccaVgggStctDaacataKttKatt\n\
+tggacYtattcSatcttagcaatgaVBMcttDattctYaaRgatgcattttNgVHtKcYR\n\
+aatRKctgtaaacRatVSagctgtWacBtKVatctgttttKcgtctaaDcaagtatcSat\n\
+aWVgcKKataWaYttcccSaatgaaaacccWgcRctWatNcWtBRttYaattataaNgac\n\
+acaatagtttVNtataNaYtaatRaVWKtBatKagtaatataDaNaaaaataMtaagaaS\n\
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+aNSgatactttcgagWaaatctKaaDaRttgtggKKagcDgataaattgSaacWaVtaNM\n\
+acKtcaDaaatttctRaaVcagNacaScRBatatctRatcctaNatWgRtcDcSaWSgtt\n\
+RtKaRtMtKaatgttBHcYaaBtgatSgaSWaScMgatNtctcctatttctYtatMatMt\n\
+RRtSaattaMtagaaaaStcgVgRttSVaScagtgDtttatcatcatacRcatatDctta\n\
+tcatVRtttataaHtattcYtcaaaatactttgVctagtaaYttagatagtSYacKaaac\n\
+gaaKtaaatagataatSatatgaaatSgKtaatVtttatcctgKHaatHattagaaccgt\n\
+YaaHactRcggSBNgtgctaaBagBttgtRttaaattYtVRaaaattgtaatVatttctc\n\
+ttcatgBcVgtgKgaHaaatattYatagWacNctgaaMcgaattStagWaSgtaaKagtt\n\
+ttaagaDgatKcctgtaHtcatggKttVDatcaaggtYcgccagNgtgcVttttagagat\n\
+gctaccacggggtNttttaSHaNtatNcctcatSaaVgtactgBHtagcaYggYVKNgta\n\
+KBcRttgaWatgaatVtagtcgattYgatgtaatttacDacSctgctaaaStttaWMagD\n\
+aaatcaVYctccgggcgaVtaaWtStaKMgDtttcaaMtVgBaatccagNaaatcYRMBg\n\
+gttWtaaScKttMWtYataRaDBMaDataatHBcacDaaKDactaMgagttDattaHatH\n\
+taYatDtattDcRNStgaatattSDttggtattaaNSYacttcDMgYgBatWtaMagact\n\
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+cHacgatcaHttYaKHggagttccgatYcaatgatRaVRcaagatcagtatggScctata\n\
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+tctaRcactctctDtaacWYtgaYaSaagaWtNtatttRacatgNaatgttattgWDDcN\n\
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+actaactatKDacSaStcggataHgYatagKtaatKagStaNgtatactatggRHacttg\n\
+tattatgtDVagDVaRctacMYattDgtttYgtctatggtKaRSttRccRtaaccttaga\n\
+gRatagSaaMaacgcaNtatgaaatcaRaagataatagatactcHaaYKBctccaagaRa\n\
+BaStNagataggcgaatgaMtagaatgtcaKttaaatgtaWcaBttaatRcggtgNcaca\n\
+aKtttScRtWtgcatagtttWYaagBttDKgcctttatMggNttattBtctagVtacata\n\
+aaYttacacaaRttcYtWttgHcaYYtaMgBaBatctNgcDtNttacgacDcgataaSat\n\
+YaSttWtcctatKaatgcagHaVaacgctgcatDtgttaSataaaaYSNttatagtaNYt\n\
+aDaaaNtggggacttaBggcHgcgtNtaaMcctggtVtaKcgNacNtatVaSWctWtgaW\n\
+cggNaBagctctgaYataMgaagatBSttctatacttgtgtKtaattttRagtDtacata\n\
+tatatgatNHVgBMtKtaKaNttDHaagatactHaccHtcatttaaagttVaMcNgHata\n\
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+MMDtMactattattgWMSgtHBttStStgatatRaDaagattttctatMtaaaaaggtac\n\
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+tatttattatcYttaWtgtBRtWatgHaaattHataagtVaDtWaVaWtgStcgtMSgaS\n\
+RgMKtaaataVacataatgtaSaatttagtcgaaHtaKaatgcacatcggRaggSKctDc\n\
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+NctctgctatcaMatactataggDaHaaSttMtaDtcNatataattctMcStaaBYtaNa\n\
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+tctctaatDtcRVaYttgttMtRtgtcaSaaYVgSWDRtaatagctcagDgcWWaaaBaa\n\
+RaBctgVgggNgDWStNaNBKcBctaaKtttDcttBaaggBttgaccatgaaaNgttttt\n\
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+BtRgctaKtgcScSttDgYatcVtggaaKtaagatWccHccgKYctaNNctacaWctttt\n\
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+NHcaacttccgtttSRtgtctgDcgctcaaMagVtBctBMcMcWtgtaacgactctcttR\n\
+ggRKSttgYtYatDccagttDgaKccacgVatWcataVaaagaataMgtgataaKYaaat\n\
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+ctactcaacaacggaatagtctttgtttagtaaaccagagctcaggacgcccaatacgta\n\
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+gaacttattaccgccaacgtagctcatcaaggttgcgacatctagttgtgtgtttgcgac\n\
+gagcccagcgaacttcatcaactttcgtatattcaacgccttgtaattttactttaagac\n\
+gcctggtgatgtagattcttagataatcagtttgttatcggctgtactttaccataattt\n\
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+aacgtgatcggataataatcaatcgcttatgtcgtctttaggcgtatccaatacatgccc\n\
+cgataccgcagtgtatttcgacatgtaggtataccgtcgcatttgagctcgagtcaggac\n\
+gtcagctagattagattccttaatagaatataccgacctctagtccgaactaaactatag\n\
+ataacgccaacttcaggttaattgtctagtcgtctgtttgcagatgggattcttagatga\n\
+gtgagtatcggccatattggttcgagcactttagtttttgatgcataggatatgcaatgt\n\
+atagctgaaagtactttatctgtttcaaactcacattgattaaaccggtaaacctttaaa\n\
+gactacaagaaaatattcagtgagggcaattttgtcaatcacaatcttccagctagagat\n\
+acttcacaatttgtcttgaggctacgcaacattagacggattttcgcgttttattgaaat\n\
+aatcgaggggcccaagagtatccatagttcattttgtaagatttctttacaggcttatta\n\
+cagcttcttcagactcctacatgcttacgagttatatgctagcatgtgaacaatagatta\n\
+atatacaggaaaacgtacattgagagagatgaccctacacagcgcaaccgttgagtactt\n\
+tcattaaagggtaacgctctcgagacagcatccttaagatggccttattgtcaaatcatt\n\
+tgcagaagtacgcaagatccctaaccaacgtagaagaatccctacaaacacatgagacgc\n\
+ggtgaaaatagacagggtgttagtattcaatcttcggagtatcaatttcgccaatcttgg\n\
+tgagaaagcataccctttcttcagagaaagaagatcaatcataacactatctttaacgag\n\
+gtacgcacgcgcatcattacctgcctccatggatctttaggatagcggaaagtattggca\n\
+gcgtattgtgatttcgttcctactttatcaatttcacattcatatacatgtcttttatca\n\
+aaatcgccaataagataggatgagctatattagatgctagtagagttcgcgccaacatca\n\
+tcgataggaatactcaggacagcgtgataggacttttcaatccctaatactctctataat\n\
+tataactctctcttaagtttggaggcagtaacgcgctctatataatcagtttgctgcacc\n\
+attcttcagcctctgatacatacaaataaattccacagcagtaagagggtttaattgaga\n\
+catcttgggaacttaggattttactctaacatcaccgaaacgattattggataccgtacc\n\
+taaacgaactttctcaaggcagtaatataggacatccgcaataacacaaatgctgcctcc\n\
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+gtttaaatgttgattgtctaaaaaaaagatagataagagttggccggcgtagcacatgcg\n\
+aaagtgaatcgtaagctataattctctggacttgaagttctgtcctgttcctctgcaaga\n\
+aacaaacttcctttaaagctatttacgacgcacatctcagcaagttataaacatgttgga\n\
+agtttctagtcggaattcccaaagaacggatctatctaatgcattcctacatttttcctg\n\
+tctgccgatggtgccatcctattcaaagaatttcttaaaagtagattaaatgggactttt\n\
+aacaatgagtaaccttacgcctctaagggttcctcgagtgccatacaccagtcaggtccg\n\
+agccacatacacggagaacattctaacatagcattctcaactcgatcatttgcaggttac\n\
+ttctttcctatcctagtgctaaaaatcatacttgcaatcccatagcacggattaagaacc\n\
+taagaaacaattcagtaaaacatgttcgaattcttggtatgggaacatcattgcagctat\n\
+ggtctaacgcattaatgtttgggtacatcttccatcatataaacaggaagagtctgacga\n\
+cagggagtgcttgcgatcatgtctatcattgtgaaatcaaattgtagctcacatgtcgtc\n\
+tatgagagcgtgtatccgataagatttagaaaaatagaagtcgtataagatctcactgaa\n\
+cttttgaatgaatgtgaagcatatatgatctgctttaataaaactttatccataggatac\n\
+gtttccaaatcaattcaataattattagtcaaaatagataaggatgaacaacctgaaggc\n\
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+gcctgaatttaatacaccgcatagttaacttcgcggtagagttgttcatcatgcctcctc\n\
+taagctaccacttctatgatacaccaatagttgttctacggaatctgataattggccaag\n\
+tcataaacttccgctgcgttcaacccccttgctcgaatatccaactcgaaaagacagcct\n\
+tttggtgtccggaacaaatcagttacttcttttctgatgttaattctctgtggtcagata\n\
+cagaccaaaaactccgcggatttaccatcctccaagaacaaatttgcatcaacatagcat\n\
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+ggattggaggaataatagctgggtaagtccccttgcgtctacaatcgactattttttatg\n\
+aatatgcttctgccgcacctatggttattaaaaaagtcatgactttgaagaaccctgaaa\n\
+agatagatgaatcaggtgtaatggcagcagccaaagagcatataattagcaacactctaa\n\
+gaacattatagatatgatgatagcgatcgtcatgatgttatccggtcacaatagtagctt\n\
+catcagctaattcgttttgccagtggtgacttgcgctggaagaatcgttatacggtccct\n\
+tccctcttgatacggtgggggcttattcaaccgcgtggattgggttgtcatacttgcatt\n\
+aaacgatgtaaaccatctagtagtcaactatactaaatcacaaaatagtgatcaatacat\n\
+acccgcttcatggttttaaccatttaattgattaaagatattccgctaagaaccattatc\n\
+tacctaaactgatcgccgtatcctagtagtttgaaatttgatgtaccgtaatgatcaacg\n\
+aagtaaaacgttatattgtatgtagaataataggtcttggagctaaatgatgtgattggt\n\
+agtgaagacttacccttacaactttaccggtttctcggaagaatatactagagaatcaat\n\
+gcatgggctacataagcactttagtctaatgagataaaaaatacacgagtcttccatcat\n\
+gaattttttgtcgaaaaactcgaacctggtaatttaaaccatatatctttatgtcgtcaa\n\
+taactctcatatgttttatataacttcccaatcacgacttgtaactgcttgttcgactga\n\
+gctgtttgagctatgaggccgggatccggttgagctacatctatttgctacaagaaaaat\n\
+gaaagcacatttgttgggagttctggctacactcatagagaaataagtggcccgagtggg\n\
+tgcggcctgcctccatattcaagtgtatcttaaaccaagtggttccaacgctcgcgctaa\n\
+agaattaaagcctttatttcctccacggagtagcccgtaatccggttcgaaagagaccat\n\
+tgaagttaattttcatatccagtgaagtttaggcacaagcatgtgttctgccacatgcct\n\
+caaagcgctcttcaaccaagatatgattcatcctaacttcgatgaatgcgtctgtaacat\n\
+aaatatagaaggaatgattcggcgagttaattttcgccttctccaacatggcatccctac\n\
+gttcgttataaggaccatacatgtaggttttaaaggtttgcggttaatcgatatttacat\n\
+catagaaattctatagtcaaatttacaagactctagatactcactcgttgcagccggcta\n\
+ggaagcgctttgtaccttacttcccttttcgttgcgtaatatgaatttcatatagtaagt\n\
+tcaaggcactcatacctccgtgaagagggtagatagactattaaagttgtttaatagtac\n\
+gtattgatggaaatgacccgtaggagatttaccactcaatccacaagattcgctgctgtg\n\
+cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\
+gagatacctttgcaattttt\n";
+
+dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;
+
+var ilen, clen,
+ seqs = [
+  /agggtaaa|tttaccct/ig,
+  /[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,
+  /a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,
+  /ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/ig,
+  /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,
+  /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,
+  /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,
+  /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
+  /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
+ subs = {
+  B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
+  M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
+  V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }
+
+ilen = dnaInput.length;
+
+// There is no in-place substitution
+dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
+clen = dnaInput.length
+
+var dnaOutputString = '';
+
+for(i in seqs)
+    dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
+ // match returns null if no matches, so replace with empty
+
+for(k in subs)
+ dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k]) // FIXME: Would like this to be a global substitution in a future version of SunSpider.
+ // search string, replacement string, flags
+
+assertEq(dnaOutputString, "agggtaaa|tttaccct 0\n[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg] 9\na[act]ggtaaa|tttacc[agt]t 27\nag[act]gtaaa|tttac[agt]ct 24\nagg[act]taaa|ttta[agt]cct 30\naggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct 9\nagggt[cgt]aa|tt[acg]accct 12\nagggta[cgt]a|t[acg]taccct 9\nagggtaa[cgt]|[acg]ttaccct 15\n")