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+GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCA\n\

+CTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGC\n\

+TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGA\n\

+GTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA\n\

+GCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT\n\

+CGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCC\n\

+TGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAAT\n\

+CCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGC\n\

+CTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTG\n\

+GCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGG\n\

+GAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGC\n\

+GAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\n\

+GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGG\n\

+TGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTA\n\

+ATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTG\n\

+CAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTC\n\

+AAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGG\n\

+GCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCT\n\

+CTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTC\n\

+GGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGA\n\

+TCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGC\n\

+GCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGA\n\

+GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC\n\

+AAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGC\n\

+AGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCA\n\

+CTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACG\n\

+CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCG\n\

+AGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGG\n\

+GCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTT\n\

+GAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGC\n\

+GACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG\n\

+CACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGC\n\

+CAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCG\n\

+CGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGC\n\

+GGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGAC\n\

+TCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC\n\

+CGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAA\n\

+CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCC\n\

+AGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTG\n\

+AGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA\n\

+GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA\n\

+TCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACT\n\

+AAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAG\n\

+GCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG\n\

+CCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGT\n\

+GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA\n\

+GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA\n\

+TTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG\n\

+AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA\n\

+GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT\n\

+AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC\n\

+AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG\n\

+GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC\n\

+CGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAG\n\

+AGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTT\n\

+TGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACA\n\

+TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCT\n\

+GTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGG\n\

+TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGT\n\

+CTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG\n\

+CGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCG\n\

+TCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTA\n\

+CTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCG\n\

+AGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCG\n\

+GGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACC\n\

+TGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA\n\

+TACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA\n\

+GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT\n\

+GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC\n\

+ACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGT\n\

+TCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGC\n\

+CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG\n\

+CTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTG\n\

+GGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCC\n\

+CAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT\n\

+GGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGC\n\

+GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA\n\

+GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA\n\

+GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA\n\

+GGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG\n\

+AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAAT\n\

+CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCA\n\

+GTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA\n\

+AAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGC\n\

+GGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCT\n\

+ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGG\n\

+GAGGCTGAGGCAGGAGAATC\n\

+>TWO IUB ambiguity codes\n\

+cttBtatcatatgctaKggNcataaaSatgtaaaDcDRtBggDtctttataattcBgtcg\n\

+tactDtDagcctatttSVHtHttKtgtHMaSattgWaHKHttttagacatWatgtRgaaa\n\

+NtactMcSMtYtcMgRtacttctWBacgaaatatagScDtttgaagacacatagtVgYgt\n\

+cattHWtMMWcStgttaggKtSgaYaaccWStcgBttgcgaMttBYatcWtgacaYcaga\n\

+gtaBDtRacttttcWatMttDBcatWtatcttactaBgaYtcttgttttttttYaaScYa\n\

+HgtgttNtSatcMtcVaaaStccRcctDaataataStcYtRDSaMtDttgttSagtRRca\n\

+tttHatSttMtWgtcgtatSSagactYaaattcaMtWatttaSgYttaRgKaRtccactt\n\

+tattRggaMcDaWaWagttttgacatgttctacaaaRaatataataaMttcgDacgaSSt\n\

+acaStYRctVaNMtMgtaggcKatcttttattaaaaagVWaHKYagtttttatttaacct\n\

+tacgtVtcVaattVMBcttaMtttaStgacttagattWWacVtgWYagWVRctDattBYt\n\

+gtttaagaagattattgacVatMaacattVctgtBSgaVtgWWggaKHaatKWcBScSWa\n\

+accRVacacaaactaccScattRatatKVtactatatttHttaagtttSKtRtacaaagt\n\

+RDttcaaaaWgcacatWaDgtDKacgaacaattacaRNWaatHtttStgttattaaMtgt\n\

+tgDcgtMgcatBtgcttcgcgaDWgagctgcgaggggVtaaScNatttacttaatgacag\n\

+cccccacatYScaMgtaggtYaNgttctgaMaacNaMRaacaaacaKctacatagYWctg\n\

+ttWaaataaaataRattagHacacaagcgKatacBttRttaagtatttccgatctHSaat\n\

+actcNttMaagtattMtgRtgaMgcataatHcMtaBSaRattagttgatHtMttaaKagg\n\

+YtaaBataSaVatactWtataVWgKgttaaaacagtgcgRatatacatVtHRtVYataSa\n\

+KtWaStVcNKHKttactatccctcatgWHatWaRcttactaggatctataDtDHBttata\n\

+aaaHgtacVtagaYttYaKcctattcttcttaataNDaaggaaaDYgcggctaaWSctBa\n\

+aNtgctggMBaKctaMVKagBaactaWaDaMaccYVtNtaHtVWtKgRtcaaNtYaNacg\n\

+gtttNattgVtttctgtBaWgtaattcaagtcaVWtactNggattctttaYtaaagccgc\n\

+tcttagHVggaYtgtNcDaVagctctctKgacgtatagYcctRYHDtgBattDaaDgccK\n\

+tcHaaStttMcctagtattgcRgWBaVatHaaaataYtgtttagMDMRtaataaggatMt\n\

+ttctWgtNtgtgaaaaMaatatRtttMtDgHHtgtcattttcWattRSHcVagaagtacg\n\

+ggtaKVattKYagactNaatgtttgKMMgYNtcccgSKttctaStatatNVataYHgtNa\n\

+BKRgNacaactgatttcctttaNcgatttctctataScaHtataRagtcRVttacDSDtt\n\

+aRtSatacHgtSKacYagttMHtWataggatgactNtatSaNctataVtttRNKtgRacc\n\

+tttYtatgttactttttcctttaaacatacaHactMacacggtWataMtBVacRaSaatc\n\

+cgtaBVttccagccBcttaRKtgtgcctttttRtgtcagcRttKtaaacKtaaatctcac\n\

+aattgcaNtSBaaccgggttattaaBcKatDagttactcttcattVtttHaaggctKKga\n\

+tacatcBggScagtVcacattttgaHaDSgHatRMaHWggtatatRgccDttcgtatcga\n\

+aacaHtaagttaRatgaVacttagattVKtaaYttaaatcaNatccRttRRaMScNaaaD\n\

+gttVHWgtcHaaHgacVaWtgttScactaagSgttatcttagggDtaccagWattWtRtg\n\

+ttHWHacgattBtgVcaYatcggttgagKcWtKKcaVtgaYgWctgYggVctgtHgaNcV\n\

+taBtWaaYatcDRaaRtSctgaHaYRttagatMatgcatttNattaDttaattgttctaa\n\

+ccctcccctagaWBtttHtBccttagaVaatMcBHagaVcWcagBVttcBtaYMccagat\n\

+gaaaaHctctaacgttagNWRtcggattNatcRaNHttcagtKttttgWatWttcSaNgg\n\

+gaWtactKKMaacatKatacNattgctWtatctaVgagctatgtRaHtYcWcttagccaa\n\

+tYttWttaWSSttaHcaaaaagVacVgtaVaRMgattaVcDactttcHHggHRtgNcctt\n\

+tYatcatKgctcctctatVcaaaaKaaaagtatatctgMtWtaaaacaStttMtcgactt\n\

+taSatcgDataaactaaacaagtaaVctaggaSccaatMVtaaSKNVattttgHccatca\n\

+cBVctgcaVatVttRtactgtVcaattHgtaaattaaattttYtatattaaRSgYtgBag\n\

+aHSBDgtagcacRHtYcBgtcacttacactaYcgctWtattgSHtSatcataaatataHt\n\

+cgtYaaMNgBaatttaRgaMaatatttBtttaaaHHKaatctgatWatYaacttMctctt\n\

+ttVctagctDaaagtaVaKaKRtaacBgtatccaaccactHHaagaagaaggaNaaatBW\n\

+attccgStaMSaMatBttgcatgRSacgttVVtaaDMtcSgVatWcaSatcttttVatag\n\

+ttactttacgatcaccNtaDVgSRcgVcgtgaacgaNtaNatatagtHtMgtHcMtagaa\n\

+attBgtataRaaaacaYKgtRccYtatgaagtaataKgtaaMttgaaRVatgcagaKStc\n\

+tHNaaatctBBtcttaYaBWHgtVtgacagcaRcataWctcaBcYacYgatDgtDHccta\n\

+aagacYRcaggattHaYgtKtaatgcVcaataMYacccatatcacgWDBtgaatcBaata\n\

+cKcttRaRtgatgaBDacggtaattaaYtataStgVHDtDctgactcaaatKtacaatgc\n\

+gYatBtRaDatHaactgtttatatDttttaaaKVccYcaaccNcBcgHaaVcattHctcg\n\

+attaaatBtatgcaaaaatYMctSactHatacgaWacattacMBgHttcgaatVaaaaca\n\

+BatatVtctgaaaaWtctRacgBMaatSgRgtgtcgactatcRtattaScctaStagKga\n\

+DcWgtYtDDWKRgRtHatRtggtcgaHgggcgtattaMgtcagccaBggWVcWctVaaat\n\

+tcgNaatcKWagcNaHtgaaaSaaagctcYctttRVtaaaatNtataaccKtaRgtttaM\n\

+tgtKaBtRtNaggaSattHatatWactcagtgtactaKctatttgRYYatKatgtccgtR\n\

+tttttatttaatatVgKtttgtatgtNtataRatWYNgtRtHggtaaKaYtKSDcatcKg\n\

+taaYatcSRctaVtSMWtVtRWHatttagataDtVggacagVcgKWagBgatBtaaagNc\n\

+aRtagcataBggactaacacRctKgttaatcctHgDgttKHHagttgttaatgHBtatHc\n\

+DaagtVaBaRccctVgtgDtacRHSctaagagcggWYaBtSaKtHBtaaactYacgNKBa\n\

+VYgtaacttagtVttcttaatgtBtatMtMtttaattaatBWccatRtttcatagVgMMt\n\

+agctStKctaMactacDNYgKYHgaWcgaHgagattacVgtttgtRaSttaWaVgataat\n\

+gtgtYtaStattattMtNgWtgttKaccaatagNYttattcgtatHcWtctaaaNVYKKt\n\

+tWtggcDtcgaagtNcagatacgcattaagaccWctgcagcttggNSgaNcHggatgtVt\n\

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+tggacYtattcSatcttagcaatgaVBMcttDattctYaaRgatgcattttNgVHtKcYR\n\

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+tcatVRtttataaHtattcYtcaaaatactttgVctagtaaYttagatagtSYacKaaac\n\

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+ttaagaDgatKcctgtaHtcatggKttVDatcaaggtYcgccagNgtgcVttttagagat\n\

+gctaccacggggtNttttaSHaNtatNcctcatSaaVgtactgBHtagcaYggYVKNgta\n\

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+gttWtaaScKttMWtYataRaDBMaDataatHBcacDaaKDactaMgagttDattaHatH\n\

+taYatDtattDcRNStgaatattSDttggtattaaNSYacttcDMgYgBatWtaMagact\n\

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+cHacgatcaHttYaKHggagttccgatYcaatgatRaVRcaagatcagtatggScctata\n\

+ttaNtagcgacgtgKaaWaactSgagtMYtcttccaKtStaacggMtaagNttattatcg\n\

+tctaRcactctctDtaacWYtgaYaSaagaWtNtatttRacatgNaatgttattgWDDcN\n\

+aHcctgaaHacSgaataaRaataMHttatMtgaSDSKatatHHaNtacagtccaYatWtc\n\

+actaactatKDacSaStcggataHgYatagKtaatKagStaNgtatactatggRHacttg\n\

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+gRatagSaaMaacgcaNtatgaaatcaRaagataatagatactcHaaYKBctccaagaRa\n\

+BaStNagataggcgaatgaMtagaatgtcaKttaaatgtaWcaBttaatRcggtgNcaca\n\

+aKtttScRtWtgcatagtttWYaagBttDKgcctttatMggNttattBtctagVtacata\n\

+aaYttacacaaRttcYtWttgHcaYYtaMgBaBatctNgcDtNttacgacDcgataaSat\n\

+YaSttWtcctatKaatgcagHaVaacgctgcatDtgttaSataaaaYSNttatagtaNYt\n\

+aDaaaNtggggacttaBggcHgcgtNtaaMcctggtVtaKcgNacNtatVaSWctWtgaW\n\

+cggNaBagctctgaYataMgaagatBSttctatacttgtgtKtaattttRagtDtacata\n\

+tatatgatNHVgBMtKtaKaNttDHaagatactHaccHtcatttaaagttVaMcNgHata\n\

+tKtaNtgYMccttatcaaNagctggacStttcNtggcaVtattactHaSttatgNMVatt\n\

+MMDtMactattattgWMSgtHBttStStgatatRaDaagattttctatMtaaaaaggtac\n\

+taaVttaSacNaatactgMttgacHaHRttgMacaaaatagttaatatWKRgacDgaRta\n\

+tatttattatcYttaWtgtBRtWatgHaaattHataagtVaDtWaVaWtgStcgtMSgaS\n\

+RgMKtaaataVacataatgtaSaatttagtcgaaHtaKaatgcacatcggRaggSKctDc\n\

+agtcSttcccStYtccRtctctYtcaaKcgagtaMttttcRaYDttgttatctaatcata\n\

+NctctgctatcaMatactataggDaHaaSttMtaDtcNatataattctMcStaaBYtaNa\n\

+gatgtaatHagagSttgWHVcttatKaYgDctcttggtgttMcRaVgSgggtagacaata\n\

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+ttctttggSDtNtaStagttataaacaattgcaBaBWggHgcaaaBtYgctaatgaaatW\n\

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+tctctaatDtcRVaYttgttMtRtgtcaSaaYVgSWDRtaatagctcagDgcWWaaaBaa\n\

+RaBctgVgggNgDWStNaNBKcBctaaKtttDcttBaaggBttgaccatgaaaNgttttt\n\

+tttatctatgttataccaaDRaaSagtaVtDtcaWatBtacattaWacttaSgtattggD\n\

+gKaaatScaattacgWcagKHaaccaYcRcaRttaDttRtttHgaHVggcttBaRgtccc\n\

+tDatKaVtKtcRgYtaKttacgtatBtStaagcaattaagaRgBagSaattccSWYttta\n\

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+gttacatcatttatgtcgMHaVcttaBtVRtcgtaYgBRHatttHgaBcKaYWaatcNSc\n\

+tagtaaaaatttacaatcactSWacgtaatgKttWattagttttNaggtctcaagtcact\n\

+attcttctaagKggaataMgtttcataagataaaaatagattatDgcBVHWgaBKttDgc\n\

+atRHaagcaYcRaattattatgtMatatattgHDtcaDtcaaaHctStattaatHaccga\n\

+cNattgatatattttgtgtDtRatagSacaMtcRtcattcccgacacSattgttKaWatt\n\

+NHcaacttccgtttSRtgtctgDcgctcaaMagVtBctBMcMcWtgtaacgactctcttR\n\

+ggRKSttgYtYatDccagttDgaKccacgVatWcataVaaagaataMgtgataaKYaaat\n\

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+cVtatctatatBRataactcgKatStatattcatHHRttKtccaacgtgggtgRgtgaMt\n\

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+BRcWcaatgNNtactWYtDaKttaaatcactcagtRaaRgatggtKgcgccaaHgaggat\n\

+StattYcaNMtcaBttacttatgagDaNtaMgaaWtgtttcttctaHtMNgttatctaWW\n\

+atMtBtaaatagDVatgtBYtatcggcttaagacMRtaHScgatatYgRDtcattatSDa\n\

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+gattaKtaKctYaMtattYgatattataatKtVgDcttatatNBtcgttgtStttttMag\n\

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+gRWctacatcKSactctgWYtBggtataagcttNRttVtgRcaWaaatDMatYattaact\n\

+ttcgaagRatSctgccttgcRKaccHtttSNVagtagHagBagttagaccaRtataBcca\n\

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+aacacatgYaBttgattattcgaaNttBctSataaMataWRgaHtttccgtDgaYtatgg\n\

+tDgHKgMtatttVtMtVagttaRatMattRagataaccctKctMtSttgaHagtcStcta\n\

+tttccSagatgttccacgaggYNttHRacgattcDatatDcataaaatBBttatcgaHtN\n\

+HaaatatDNaggctgaNcaaggagttBttMgRagVatBcRtaWgatgBtSgaKtcgHttt\n\

+gaatcaaDaHttcSBgHcagtVaaSttDcagccgttNBtgttHagYtattctttRWaaVt\n\

+SttcatatKaaRaaaNacaVtVctMtSDtDtRHRcgtaatgctcttaaatSacacaatcg\n\

+HattcaWcttaaaatHaaatcNctWttaNMcMtaKctVtcctaagYgatgatcYaaaRac\n\

+tctaRDaYagtaacgtDgaggaaatctcaaacatcaScttcKttNtaccatNtaNataca\n\

+tttHaaDHgcaDatMWaaBttcRggctMaagctVYcacgatcaDttatYtaatcKatWat\n\

+caatVYtNagatttgattgaYttttYgacttVtcKaRagaaaHVgDtaMatKYagagttN\n\

+atWttaccNtYtcDWgSatgaRgtMatgKtcgacaagWtacttaagtcgKtgatccttNc\n\

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+cSHatNtcaScNtttggacNtaaggaccgtgKNttgttNcttgaaRgYgRtNtcagttBc\n\

+ttttcHtKtgcttYaaNgYagtaaatgaatggWaMattBHtatctatSgtcYtgcHtaat\n\

+tHgaaMtHcagaaSatggtatgccaHBtYtcNattWtgtNgctttaggtttgtWatNtgH\n\

+tgcDttactttttttgcNtactKtWRaVcttcatagtgSNKaNccgaataaBttataata\n\

+YtSagctttaaatSttggctaaKSaatRccgWHgagDttaaatcatgagMtcgagtVtaD\n\

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+aatWRgatataRgttRacaaNKttNtKagaaYaStaactScattattaacgatttaaatg\n\

+DtaattagatHgaYataaactatggggatVHtgccgtNgatNYcaStRtagaccacWcaM\n\

+tatRagHgVactYtWHtcttcatgatWgagaKggagtatgaWtDtVtNaNtcgYYgtaaa\n\

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+>THREE Homo sapiens frequency\n\

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+gacaggctcttggagtcgatcttctgtttgtatgcatgtgatcatatagatgaataagcg\n\

+atgcgactagttagggcatagtatagatctgtgtatacagttcagctgaacgtccgcgag\n\

+tggaagtacagctgagatctatcctaaaatgcaaccatatcgttcacacatgatatgaac\n\

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+ctagtatacagtttcatcccctagcatcaatgctatggacagtattgaacttataggaaa\n\

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+gcactagtattgtcgggatcccattaacaggctcaaccacgagctcacgcgaggacatgt\n\

+agtccgtatctttaacgaagcgacagcgacagaactcccatggataaccaattataaggc\n\

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+gaacttattaccgccaacgtagctcatcaaggttgcgacatctagttgtgtgtttgcgac\n\

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+gcctggtgatgtagattcttagataatcagtttgttatcggctgtactttaccataattt\n\

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+atagctgaaagtactttatctgtttcaaactcacattgattaaaccggtaaacctttaaa\n\

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+gtacgcacgcgcatcattacctgcctccatggatctttaggatagcggaaagtattggca\n\

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+catcttgggaacttaggattttactctaacatcaccgaaacgattattggataccgtacc\n\

+taaacgaactttctcaaggcagtaatataggacatccgcaataacacaaatgctgcctcc\n\

+ccaggagttatgtcttcctggaggctatatcttacacccactcactataggcaaactaaa\n\

+gtttaaatgttgattgtctaaaaaaaagatagataagagttggccggcgtagcacatgcg\n\

+aaagtgaatcgtaagctataattctctggacttgaagttctgtcctgttcctctgcaaga\n\

+aacaaacttcctttaaagctatttacgacgcacatctcagcaagttataaacatgttgga\n\

+agtttctagtcggaattcccaaagaacggatctatctaatgcattcctacatttttcctg\n\

+tctgccgatggtgccatcctattcaaagaatttcttaaaagtagattaaatgggactttt\n\

+aacaatgagtaaccttacgcctctaagggttcctcgagtgccatacaccagtcaggtccg\n\

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+taagaaacaattcagtaaaacatgttcgaattcttggtatgggaacatcattgcagctat\n\

+ggtctaacgcattaatgtttgggtacatcttccatcatataaacaggaagagtctgacga\n\

+cagggagtgcttgcgatcatgtctatcattgtgaaatcaaattgtagctcacatgtcgtc\n\

+tatgagagcgtgtatccgataagatttagaaaaatagaagtcgtataagatctcactgaa\n\

+cttttgaatgaatgtgaagcatatatgatctgctttaataaaactttatccataggatac\n\

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+taagctaccacttctatgatacaccaatagttgttctacggaatctgataattggccaag\n\

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+acccgcttcatggttttaaccatttaattgattaaagatattccgctaagaaccattatc\n\

+tacctaaactgatcgccgtatcctagtagtttgaaatttgatgtaccgtaatgatcaacg\n\

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+agtgaagacttacccttacaactttaccggtttctcggaagaatatactagagaatcaat\n\

+gcatgggctacataagcactttagtctaatgagataaaaaatacacgagtcttccatcat\n\

+gaattttttgtcgaaaaactcgaacctggtaatttaaaccatatatctttatgtcgtcaa\n\

+taactctcatatgttttatataacttcccaatcacgacttgtaactgcttgttcgactga\n\

+gctgtttgagctatgaggccgggatccggttgagctacatctatttgctacaagaaaaat\n\

+gaaagcacatttgttgggagttctggctacactcatagagaaataagtggcccgagtggg\n\

+tgcggcctgcctccatattcaagtgtatcttaaaccaagtggttccaacgctcgcgctaa\n\

+agaattaaagcctttatttcctccacggagtagcccgtaatccggttcgaaagagaccat\n\

+tgaagttaattttcatatccagtgaagtttaggcacaagcatgtgttctgccacatgcct\n\

+caaagcgctcttcaaccaagatatgattcatcctaacttcgatgaatgcgtctgtaacat\n\

+aaatatagaaggaatgattcggcgagttaattttcgccttctccaacatggcatccctac\n\

+gttcgttataaggaccatacatgtaggttttaaaggtttgcggttaatcgatatttacat\n\

+catagaaattctatagtcaaatttacaagactctagatactcactcgttgcagccggcta\n\

+ggaagcgctttgtaccttacttcccttttcgttgcgtaatatgaatttcatatagtaagt\n\

+tcaaggcactcatacctccgtgaagagggtagatagactattaaagttgtttaatagtac\n\

+gtattgatggaaatgacccgtaggagatttaccactcaatccacaagattcgctgctgtg\n\

+cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\

+gagatacctttgcaattttt\n";

+

+dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;

+

+var ilen, clen,

+ seqs = [

+  /agggtaaa|tttaccct/ig,

+  /[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,

+  /a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,

+  /ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/ig,

+  /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,

+  /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,

+  /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,

+  /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,

+  /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],

+ subs = {

+  B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',

+  M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',

+  V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }

+

+ilen = dnaInput.length;

+

+// There is no in-place substitution

+dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")

+clen = dnaInput.length

+

+var dnaOutputString;

+

+for(i in seqs)

+    dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";

+ // match returns null if no matches, so replace with empty

+

+for(k in subs)

+ dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k]) // FIXME: Would like this to be a global substitution in a future version of SunSpider.

+ // search string, replacement string, flags